Code : GECO Semestre : M2S1 ECTS : 3

GECO : Génétique des populations moléculaire et coalescence

Responsables : Frédéric Austerlitz (frederic.austerlitz@u-psud.fr), Evelyne HEYER ( heyer@mnhn.fr )

Semaine du 28 novembre 2016

Nombre maximum d’inscrits : 30

Objectifs :

L’objet de ce module est de former les étudiants aux analyses de données moléculaires dans le cadre de la théorie de la coalescence : démographie, sélection, structuration.
Plan des enseignements :

  • 1. La Théorie de la coalescence : le modèle standard : polymorphisme moléculaire des populations à l’équilibre neutre mutation-dérive. Estimation du paramètre mutationnel (θ). Tests de neutralité sélective (HKA, Tajima’s D, Fu & Li’s D, Fu’s Fs, H & K, Ka/Ks, Mc Donald & Kreitman’s test), balayage sélectif, background selection.
  • 2. Applications de la coalescence aux données : variations du modèle démographique (expansion, bottleneck) ; Déséquilibre de liaison, données haplotypiques.
  • 3. structuration des populations dans l’espace (calcul de FST, AMOVA), isolement par la distance, métapopulation

Enseignants :
Nom Grade Etablt
Guillaume ACHAZ MC Paris VI
Frédéric AUSTERLITZ DR CNRS
Christine DILLMANN PR Paris XI
Franz DEPAULIS CR CNRS
Evelyne HEYER PR MNHN
Anne-Louise LEUTENEGGER CR INSERM
Franz MANNI MC MNHN
Prérequis

Prérequis : Génétique des populations fondamentale et statistiques

Contrôle des connaissances : interprétation de données, analyse d’article
Nb d’heures : 25 h ECTS : 3

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